Komponent Ochrona plików umożliwia uniknięcie infekcji systemu plików komputera. Domyślnie, moduł Ochrona plików uruchamia się wraz z Kaspersky Endpoint Security, pozostaje w pamięci komputera i skanuje pliki otwierane lub uruchamiane na komputerze i wszystkich podłączonych do niego dyskach w poszukiwaniu wirusów i innych potencjalnych zagrożeń. Skanowanie odbywa się zgodnie z ustawieniami aplikacji.
Po wykryciu zagrożenia w pliku Kaspersky Endpoint Security wykonuje następujące czynności: