Kaspersky Security Center admite el uso de máquinas virtuales. La aplicación admite la instalación del Agente de red y la aplicación de seguridad en cada máquina virtual, así como la protección de máquinas virtuales al nivel del hipervisor. En el primer caso, puede usar una aplicación de seguridad estándar o Kaspersky Security for Virtualization/Light Agent para proteger sus máquinas virtuales. En el segundo caso, la protección de máquinas virtuales es proporcionada por Kaspersky Security for Virtualization/Agentless.
A partir de la versión 10 Maintenance Release 1, Kaspersky Security Center admite la reversión de máquinas virtuales a su estado anterior.