Le module Protection contre les fichiers malicieux permet d'éviter l'infection du système de fichiers de l'ordinateur. La Protection contre les fichiers malicieux est lancée par défaut au démarrage de Kaspersky Endpoint Security. Elle se trouve en permanence dans la mémoire vive de l'ordinateur et analyse les fichiers ouverts et exécutés sur l'ordinateur ainsi que sur les disques montés. Elle recherche les virus et autres applications présentant une menace. L'analyse est exécutée conformément aux paramètres de l'application.
En cas de détection d'une menace dans un fichier, Kaspersky Endpoint Security exécute les actions suivantes :